Package: segemehl (0.3.4-5 and others)

[ Source: segemehl  ]

mappatura di letture corte con gap

Segemehl è un software per mappare letture corte di sequenziamento verso genomi di riferimento. Segemehl implementa una strategia di corrispondenza basata su ESA (Enhanced Suffix Arrays). Segemehl accetta interrogazioni fasta e fastq (compresse con gzip e bgzip). Oltre all'allineamento di letture da protocolli standard DNA-seq e RNA-seq, permette anche la mappatura di letture convertite con bisolfito (Lister e Cokus) e implementa una strategia di mappatura di letture separate. L'output di segemehl è un file di allineamenti formattato come BAM o SAM. In caso di letture separate, vengono scritti su disco dei file BED aggiuntivi. Tali file BED possono essere riassunti con lo strumento di post-elaborazione haarz. Nel caso dell'allineamento di letture convertite con bisolfito, anche i tassi grezzi di metilazione possono essere ottenuti con haarz.

In breve, per ogni suffisso di una lettura, Segemehl ha lo scopo di trovare il seme con il miglior punteggio. I semi possono contenere inserzioni, delezioni e non corrispondenze (differenze). Il numero di differenze permesse all'interno di un singolo seme è controllato dell'utente ed è cruciale per il tempo di esecuzione del programma. Di conseguenza, i semi che invalidano il valore E definito dall'utente sono passati a una procedura di allineamento esatta semi-globale. Infine, le letture all'interno di una percentuale minima di accuratezza sono segnalate all'utente.

Tags: Interface Toolkit: Ncurses TUI

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Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
armel	0.3.4-5+b1	246.1 kB	1,137.0 kB	[list of files]