Package: parsnp (2.0.6+dfsg-1)

[ Source: parsnp  ]

allineamenti multipli rapidi del genoma fondamentale

Parsnp è stato progettato per allineare il genoma fondamentale da centinaia a migliaia di genomi batterici entro pochi minuti o poche ore. L'input può essere sia assemblaggi in bozza, sia genomi finiti, e l'output include identificazione di varianti (SNP), filogenia del genoma fondamentale e allineamenti multipli. Parsnp sfrutta le informazioni contestuali fornite dagli allineamenti multipli intorno ai siti SNP per filtraggio/pulizia, in aggiunta agli strumenti esistenti per rilevamento/filtraggio di ricombinazioni e ricostruzione filogenetica.

Other Packages Related to parsnp

• dep: fasttree

  phylogenetic trees from alignments of nucleotide or protein sequences

• dep: harvest-tools

  archiviazione e post-elaborazione per allineamenti multipli genomici con riferimenti compressi

• dep: libc6 (>= 2.38)

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.5)

  libreria di supporto a GCC

• dep: libgomp1 (>= 6)

  libreria di supporto GOMP (GCC OpenMP)

• dep: libmuscle1 (>= 3.7+4565)

  libreria per allineamenti multipli di sequenze proteiche

• dep: libstdc++6 (>= 14)

  libreria GNU Standard C++, versione 3

• dep: mummer

  Allineamento efficiente di sequenze di genomi completi

• dep: phipack

  test PHI e altri test di ricombinazione

• dep: python3

  linguaggio interattivo di alto livello orientato agli oggetti (versione python3 predefinita)

• dep: python3-biopython

  libreria Python 3 per bioinformatica

• dep: python3-numpy

  veloce funzionalità per array per il linguaggio Python (Python 3)

• dep: python3-pyspoa

  Python bindings to spoa

• dep: python3-tqdm

  barra di avanzamento veloce ed estensibile per Python 3 e strumento CLI

• dep: raxml

  RAxML (Randomized Axelerated Maximum Likelihood) di alberi filogenetici

• dep: time

  programma GNU time per misurare l'uso delle risorse CPU

• rec: python3-dendropy

  libreria di calcolo filogenetico DendroPy (Python 3)

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Architecture	Package Size	Installed Size	Files
armel	190.1 kB	1,905.0 kB	[list of files]