Package: bandage (0.9.0-2 and others)

[ Source: bandage  ]

applicazione bioinformatica per navigare facilmente grafi di assemblati de novo

Bandage è un programma con GUI che permette agli utenti di interagire con grafi di assemblati creati da assemblatori de novo come Velvet, SPAdes, MEGAHIT e altri.

I grafi degli assemblati de novo non contengono solo i contig assemblati, ma anche le connessioni tra tali contig, che precedentemente non erano facilmente accessibili. Bandage visualizza grafi di assemblati, con connessioni, usando algoritmi di disposizione di grafi. I nodi nel grafo disegnato, che rappresentano i contig, possono essere automaticamente etichettati con il loro ID, lunghezza o profondità. Gli utenti possono interagire con il grafo spostando, etichettando e colorando i nodi. Le informazioni sulla sequenza possono essere estratte anche direttamente dal visualizzatore del grafo. Visualizzando le connessioni tra contig, Bandage apre nuove possibilità per analizzare e migliorare gli assemblati de novo, che non sono possibili osservando i contig da soli.

Ulteriori informazioni e collegamenti per il download si trovano sul sito web di Bandage: rrwick.github.io/Bandage

Il pacchetto è attinente al campo dell'assemblaggio del genoma.

Tags: Interface Toolkit: Qt

Other Packages Related to bandage

• dep: libc6 (>= 2.34)

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 4.0)

  libreria di supporto a GCC

• dep: libqt5core5t64 (>= 5.15.1)

  modulo principale di Qt 5

• dep: libqt5gui5t64 (>= 5.8.0)

  modulo GUI di Qt 5

  or libqt5gui5-gles (>= 5.8.0)

  modulo GUI di Qt 5 — variante OpenGL ES

• dep: libqt5svg5 (>= 5.6.0~beta)

  modulo SVG di Qt 5

• dep: libqt5widgets5t64 (>= 5.15.1)

  modulo per widgets di Qt 5

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  libreria GNU Standard C++, versione 3

Download bandage

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Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
armel	0.9.0-2+b1	874.9 kB	2,109.0 kB	[list of files]