Package: rsem (1.3.3+dfsg-3 and others)

[ Source: rsem  ]

RNA-Seq tramite Expectation-Maximization

RSEM è un pacchetto software per stimare i livelli di espressione di isoforme e geni da dati RNA-Seq. Il pacchetto RSEM fornisce un'interfaccia facile da usare, gestisce i thread per il calcolo parallelo dell'algoritmo EM, dati di lettura a terminali accoppiati e singoli, punteggi di qualità, letture a lunghezza variabile e stima RSPD. Inoltre, fornisce stime per la media a posteriori e per l'intervallo di confidenza al 95% per i livelli di espressione. Per la visualizzazione, può generare file BAM e Wiggle sia in coordinate dei trascritti sia in coordinate genomiche. I file in coordinate genomiche possono essere visualizzati sia dal navigatore UCSC Genome sia dall'Integrative Genomics Viewer (IGV) del Broad Institute. I file in coordinate dei trascritti possono essere visualizzati da IGV. RSEM ha anche i propri script per generare grafici della profondità di lettura dei trascritti in formato PDF. La funzionalità che distingue RSEM è che i grafici della profondità di lettura possono essere sovrapposti, con la profondità di lettura attribuibile a letture uniche mostrata in nero e quella attribuibile a letture multiple mostrata in rosso. Inoltre, i modelli dedotti dai dati possono anche essere visualizzati. Ultimo, ma non meno importante, RSEM contiene un simulatore.

Other Packages Related to rsem

• dep: bowtie

  allineatore di letture brevi ultraveloce ed efficiente in termini di memoria

  or bowtie2

  allineatore di letture brevi ultraveloce ed efficiente

• dep: libc6 (>= 2.38)

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0)

  libreria di supporto a GCC

• dep: libhts3t64 (>= 1.17)

  libreria C per formati di dati di sequenziamento ad alte prestazioni

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  libreria GNU Standard C++, versione 3

• dep: perl

  "Practical Extraction and Report Language" di Larry Wall

• dep: python3

  linguaggio interattivo di alto livello orientato agli oggetti (versione python3 predefinita)

• dep: r-base-core

  nocciolo del sistema per calcoli e grafici statistici GNU R

• sug: hisat2

  allineamento basato su grafi di letture corte di nucleotidi verso molti genomi

• sug: r-bioc-ebseq

  pacchetto R per analisi RNA-Seq di espressione differenziale

Download rsem

Download for all available architectures

Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
arm64	1.3.3+dfsg-3+b2	35,257.0 kB	37,276.0 kB	[list of files]