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snpStats è nato dalla necessità di archiviare, e analizzare, dati genotipici SNP in cui i soggetti non possono essere assegnati ai 3 possibili genotipi con certezza. Ciò ha reso necessario un cambiamento nel modo in cui i dati sono memorizzati internamente, anche se snpStats può ancora gestire i dati genotipici chiamati in modo convenzionale nella modalità di archiviazione originale di snpMatrix. snpStats attualmente manca di alcune funzionalità che erano presenti in snpMatrix (anche se, si spera, le lacune importanti verranno presto rimosse), ma include anche svariate nuove funzionalità importanti.

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