Package: jellyfish1 (1.1.11-10)

[ Source: jellyfish1  ]

conta i k-meri in sequenze di DNA

JELLYFISH è uno strumento per contare in modo veloce ed efficiente in termini di memoria i k-meri nel DNA. Un k-mero è una sottostringa di lunghezza k, e contare le occorrenze di tutte queste sottostringhe è un passo fondamentale in molte analisi delle sequenze del DNA. JELLYFISH può contare i k-meri usando una quantità di memoria un ordine di grandezza più piccola e una velocità di un ordine di grandezza più grande di quelle degli altri pacchetti per il conteggio dei k-meri, grazie all'uso di una codifica efficiente di una tabella hash e sfruttando l'istruzione "compare-and-swap" della CPU per aumentare il parallelismo.

JELLYFISH è un programma a riga di comando che legge file FASTA e multi-FASTA contenenti sequenze di DNA. Produce in output il suo conteggio dei k-meri in formato binario, che può essere tradotto in testo intelligibile usando il comando "jellyfish dump".

Questa è la versione più recente della serie 1.x di jellyfish che è utilizzata da alcune altre applicazioni che non sono compatibili con la versione 2.x, che è fornita nel pacchetto jellyfish.

Other Packages Related to jellyfish1

• dep: libc6 (>= 2.38)

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0)

  libreria di supporto a GCC

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  libreria GNU Standard C++, versione 3

• enh: kraken

  assegnazione di etichette tassonomiche a sequenze corte di DNA

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Architecture	Package Size	Installed Size	Files
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