Package: snippy (4.6.0+dfsg-5)

[ Source: snippy  ]

identificazione rapida di varianti aploidi e allineamento di genoma core

Snippy trova gli SNP tra un genoma di riferimento aploide e le letture di sequenziamento NGS dell'utente. Trova sia le sostituzioni (snps) sia le inserzioni/delezioni (indels). Usa tante CPU quante gliene vengono fornite in un unico computer (testato con 64 core). È progettato pensando alla velocità e produce un insieme coerente di file di output in un'unica cartella. Può poi prendere un insieme di risultati di Snippy che usano lo stesso riferimento e generare un allineamento di SNP core (e da ultimo un albero filogenomico).

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