Package: proteinortho (6.3.1+dfsg-1)

[ Source: proteinortho  ]

rilevazione di (co-)ortologhi in analisi su vasta scala di proteine

Proteinortho è uno strumento autonomo che è diretto verso grandi insiemi di dati e fa uso di tecniche di calcolo distribuito quando gira su hardware multi-core. Implementa una versione estesa dell'euristica per il miglior allineamento reciproco. Proteinortho è stato applicato per calcolare le proteine ortologhe nell'insieme completo di tutti i 717 genomi eubatterici disponibili su NCBI all'inizio del 2009. Gli autori sono riusciti ad identificare trenta proteine presenti nel 99% di tutti i proteomi batterici.

Other Packages Related to proteinortho

• dep: diamond-aligner (>= 2.0.10~)

  allineatore di sequenze locali accelerato compatibile con BLAST

• dep: libc6 (>= 2.34)

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0)

  libreria di supporto a GCC

• dep: libgomp1 (>= 4.9)

  libreria di supporto GOMP (GCC OpenMP)

• dep: liblapack3

  libreria di routine per l'algebra lineare 3 - versione condivisa

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  libreria GNU Standard C++, versione 3

• dep: ncbi-blast+

  suite di prossima generazione degli strumenti di ricerca di sequenze BLAST

• dep: perl

  "Practical Extraction and Report Language" di Larry Wall

• dep: procps

  utilità per il filesystem /proc

• dep: python3

  linguaggio interattivo di alto livello orientato agli oggetti (versione python3 predefinita)

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Architecture	Package Size	Installed Size	Files
amd64	341.5 kB	1,177.0 kB	[list of files]