Package: libfreecontact0t64 (1.0.21-14)

[ Source: freecontact  ]

libreria per veloce predizione di contatto di proteine

FreeContact è uno strumento ottimizzato per la velocità per predire il contatto dei residui di proteine. Il suo input è un allineamento di sequenze multiple. FreeContact può funzionare come sostituto accelerato degli strumenti di predizione di contatti EVfold-mfDCA di DS. Marks (2011) e PSICOV di D. Jones (2011).

FreeContact è accelerato da una combinazione di istruzioni vettoriali, thread multipli e implementazione più veloce di parti chiave. A seconda dell'allineamento, sono possibili velocizzazioni di 8 volte o più.

È necessario un allineamento sufficientemente ampio per risultati significativi. Come minimo, dovrebbe essere usato un allineamento con un conteggio effettivo (dopo pesatura) di sequenze maggiore della lunghezza della sequenza di interrogazione. Allineamenti con decine di migliaia di sequenze (effettive) sono considerati un buon input.

Per esempio, jackhmmer(1) dal pacchetto hmmer o hhblits(1) da hhsuite possono essere usati per generare gli allineamenti.

Questo pacchetto contiene la libreria condivisa che implementa freecontact.

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Architecture	Package Size	Installed Size	Files
amd64	81.6 kB	206.0 kB	[list of files]