Package: fastahack (1.0.0+dfsg-11 and others)

[ Source: libfastahack  ]

utilità per indicizzare ed estrarre sequenze da file FASTA

fastahack è una piccola applicazione per indicizzare ed estrarre sequenze e sottosequenze da file FASTA. La libreria inclusa Fasta.cpp fornisce un lettore e indicizzatore FASTA che può essere incorporato in applicazioni che beneficerebbero dalla lettura diretta di sottosequenze da file FASTA. La libreria gestisce automaticamente la generazione e l'uso di file indice.

Funzionalità:

 * generazione di indici FASTA (.fai) per file FASTA;
 * estrazione di sequenze;
 * estrazione di sottosequenze;
 * statistiche sulle sequenze (attualmente viene fornita solo l'entropia).

L'estrazione di sequenze e sottosequenze usa fseek64 per fornire l'estrazione più veloce possibile senza operazioni di caricamento di file che fanno un uso intensivo della RAM. Ciò rende fastahack un utile strumento per bioinformatici che hanno bisogno di estrarre velocemente molte sottosequenze da una sequenza FASTA di riferimento.

Other Packages Related to fastahack

• dep: libc6 (>= 2.38)

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libdisorder0 (>= 0.0.2)

  libreria per la misura dell'entropia di flussi di byte

• dep: libfastahack0 (>= 0.0+git20160702.bbc645f)

  libreria per indicizzare ed estrarre sequenze da file FASTA (libreria)

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0)

  libreria di supporto a GCC

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  libreria GNU Standard C++, versione 3

Download fastahack

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Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
amd64	1.0.0+dfsg-11+b2	12.4 kB	45.0 kB	[list of files]