Package: canu (2.2+dfsg-5)

[ Source: canu  ]

assemblatore di sequenze di molecole singole per genomi

Canu è un fork di Celera Assembler, progettato per sequenziamento con alto rumore di molecole singole (come PacBio RS II o Oxford Nanopore MinION).

Canu è una catena pipe di assemblaggio gerarchico che viene eseguita in quattro passi:

 * rilevamento di sovrapposizioni in sequenze con alto rumore usando MHAP;
 * generazione del consenso delle sequenze corrette;
 * taglio delle sequenze corrette;
 * assemblaggio delle sequenze corrette dopo il taglio.

Other Packages Related to canu

• dep: gnuplot-nox

  programma a riga di comando interattivo per tracciare grafici - pacchetto senza X
  also a virtual package provided by gnuplot-qt, gnuplot-x11

  or gnuplot

  programma a riga di comando interattivo per tracciare grafici
  also a virtual package provided by gnuplot-nox, gnuplot-qt, gnuplot-x11

• dep: libc6 (>= 2.34)

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libfilesys-df-perl

  modulo per ottenere informazioni sullo spazio sul disco del file system

• dep: libgcc-s1 (>= 4.2)

  libreria di supporto a GCC

• dep: libgomp1 (>= 6)

  libreria di supporto GOMP (GCC OpenMP)

• dep: libsnappy1v5 (>= 1.1.10)

  veloce libreria di compressione/decompressione

• dep: libstdc++6 (>= 11)

  libreria GNU Standard C++, versione 3

• dep: mhap

  hash con sensibilità locale per rilevare sovrapposizioni di letture lunghe

• dep: perl

  "Practical Extraction and Report Language" di Larry Wall

• sug: nanopolish

  identificatore di sequenze di consenso per dati di sequenziamento a nanopori

Download canu

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
amd64	1,379.8 kB	13,027.0 kB	[list of files]