programma scalabile per allineamento di nucleotidi
SNAP (Scalable Nucleotide Alignment Program) è un nuovo allineatore di
sequenze che è da 3 a 20 volte più veloce, e altrettanto accurato, rispetto
agli strumenti esistenti come BWA-mem, Bowtie2 e Novoalign. Gira su normali
processori x86 e gestisce un ricco modello di errori che gli permette con
poco sforzo di trovare corrispondenze per letture con più differenze
rispetto a quelle di riferimento, di quanto non facciano altri strumenti.
Questo dà a SNAP un tasso di errore fino a due volte inferiore agli
strumenti esistenti (in certi casi) e gli permette di trovare
corrispondenze in caso di mutazioni più ampie che essi potrebbero non
trovare. Inoltre SNAP legge nativamente BAM, FASTQ o FASTQ
compresso con gzip, e scrive nativamente SAM o BAM, con ordinamento
incorporato, marcatura di duplicati e indicizzazione BAM.
