Package: python3-pairtools (1.0.3-1 and others) [debports]

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infrastruttura per elaborare dati di sequenziamento da un esperimento Hi-C

Semplice e veloce infrastruttura a riga di comando per elaborare dati di sequenziamento da un esperimento Hi-C.

Elabora allineamenti di sequenze a terminali appaiati ed effettua le seguenti operazioni:

 - rileva giunzioni di legatura (alias coppie Hi-C) in sequenze allineate,
   a terminali accoppiati, di molecole di DNA Hi-C;
 - ordina file .pairs per analisi successive;
 - rileva, applica tag e rimuove duplicati di PCR/ottici;
 - genera statistiche esaurienti su insiemi di dati Hi-C;
 - seleziona coppie Hi-C in base a criteri definiti in modo flessibile;
 - ripristina allineamenti .sam da coppie Hi-C.

Other Packages Related to python3-pairtools

• dep: libc6.1 (>= 2.4)

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6.1-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0)

  libreria di supporto a GCC

• dep: libstdc++6 (>= 11)

  libreria GNU Standard C++, versione 3

• dep: python3

  linguaggio interattivo di alto livello orientato agli oggetti (versione python3 predefinita)

  dep: python3 (<< 3.13)

  dep: python3 (>= 3.12~)

• dep: python3-bioframe

  library to enable flexible, scalable operations on genomic interval dataframes

• dep: python3-click

  kit per la creazione di interfacce a riga di comando - Python 3.x

• dep: python3-numpy (>= 1:1.25.0)

  veloce funzionalità per array per il linguaggio Python (Python 3)

• dep: python3-numpy-abi9

  virtual package provided by python3-numpy

• dep: python3-pandas

  strutture dati per dati "relazionali" o "etichettati"

• dep: python3-pysam (>= 0.20.0+ds-3~)

  interfaccia al formato SAM/BAM per allineamento e mappatura di sequenze (Python 3)

• dep: python3-scipy

  strumenti scientifici per Python 3

• dep: python3-yaml

  analizzatore ed emettitore YAML per Python 3

• sug: python3-pairtools-examples (>= 1.0.2)

  infrastruttura per elaborare dati di sequenziamento da un esperimento Hi-C (esempi)

Download python3-pairtools

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Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
alpha (unofficial port)	1.0.3-1+b1	178.1 kB	895.0 kB	[list of files]