Package: qiime (2024.5.0-1)

[ Source: qiime  ]

Quantitative Insights Into Microbial Ecology

I microorganismi circondano noi, gli animali, le piante e tutti i loro parassiti con un grande effetto su tutti questi e sull'ambiente in cui vivono. Si può pensare alla qualità del suolo, ma anche all'effetto che i batteri hanno gli uni sugli altri. L'uomo influenza l'abbondanza assoluta e relativa dei batteri con gli antibiotici, il cibo, i fertilizzanti, e ogni altra cosa a cui si può pensare, e questi cambiamenti hanno un effetto su di noi.

QIIME 2 è un pacchetto per analisi del microbioma potente, estensibile e decentralizzato con attenzione a trasparenza di analisi e dati. QIIME2 permette ai ricercatori di iniziare un'analisi con dati di sequenze di DNA grezze e finire con figure di qualità di pubblicazione e risultati statistici. Caratteristiche principali:

 * tracciamento integrato e automatico della provenienza dei dati;
 * sistema di tipi semantici;
 * sistema a plugin per estendere le funzionalità di analisi del
   microbioma;
 * gestione per più tipi di interfacce utente (es. API, riga di comando,
   grafica).

QIIME 2 è un completo rifacimento e riscrittura della catena di analisi di microbioma QIIME 1. QIIME 2 risolve molte delle limitazioni di QIIME 1 mantenendo al contempo le funzionalità che fanno di QIIME 1 una catena di analisi potente e ampiamente utilizzata.

QIIME 2 attualmente gestisce una catena di elaborazione iniziale end-to-end per analisi del microbioma. Nuove funzionalità diventeranno regolarmente disponibili attraverso plugin per QIIME 2. Si può vedere un elenco dei plugin attualmente disponibili sulla pagina dei plugin disponibili di QIIME 2. La pagina dei plugin futuri elenca i plugin che sono in fase di sviluppo.

Tags: Role: Program

Other Packages Related to qiime

• dep: python3

  linguaggio interattivo di alto livello orientato agli oggetti (versione python3 predefinita)

• dep: python3-bibtexparser

  libreria per Python 3 per analizzare file BibTeX

• dep: python3-dateutil

  potenti estensioni per il modulo datetime standard di Python 3

• dep: python3-decorator

  semplifica l'uso da parte dei programmatori di decoratori Python

• dep: python3-dill

  serializza (quasi) tutto di Python 3

• dep: python3-flufl.lock

  sistema di lock con timeout, basato su file, sicuro per NFS (Python 3)

• dep: python3-lxml

  collegamento pythonico per le librerie libxml2 e libxslt

• dep: python3-networkx

  strumento per creare, manipolare e studiare reti complesse (Python 3)

• dep: python3-pandas

  strutture dati per dati "relazionali" o "etichettati"

• dep: python3-parsl

  Parallel Scripting Library for Python

• dep: python3-platformdirs

  determinare directory appropriate specifiche per la piattaforma (Python 3)

• dep: python3-psutil

  modulo che fornisce funzioni di comodo per gestire processi (Python3)

• dep: python3-pyparsing

  alternativa per creare ed eseguire semplici grammatiche - Python 3.x

• dep: python3-setuptools

  miglioramenti per Python3 Distutils

• dep: python3-tomlkit

  style-preserving TOML library for Python

• dep: python3-tzlocal

  oggetto tzinfo per il fuso orario locale

• dep: python3-yaml

  analizzatore ed emettitore YAML per Python 3

• rec: q2-cutadapt

  plugin QIIME 2 per lavorare con adattatori in dati di sequenze

• rec: q2-demux

  plugin QIIME 2 fare il demultiplexing delle letture di sequenze

• rec: q2-feature-classifier

  plugin QIIME 2 per gestione di classificazione tassonomica

• rec: q2-feature-table

  plugin QIIME 2 per gestione di operazioni su tabelle di caratteristiche

• rec: q2-metadata

  plugin per QIIME 2 per lavorare con Metadati e visualizzarli

• rec: q2-quality-filter

  plugin QIIME 2 per filtraggio e taglio basato su PHRED

• rec: q2-types

  plugin QIIME 2 che definisce tipi per analisi di microbioma

• rec: q2cli

  interfaccia a riga di comando basata su clic per QIIME 2

• rec: q2templates

  pacchetto per modello di struttura per plugin QIIME 2

Download qiime

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
all	296.9 kB	2,237.0 kB	[list of files]