Package: r-bioc-ensembldb (2.30.0+dfsg-1)

[ Source: r-bioc-ensembldb  ]

Experimental package

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utilità per GNU R per creare e usare un database di annotazioni basato su Ensembl

Il pacchetto fornisce funzioni per creare ed usare database/pacchetti di annotazioni relative a trascritti. Le annotazioni per i database sono ottenute direttamente da Ensembl usando la sua API Perl. Le funzionalità e i dati sono simili a quelli dei pacchetti TxDb dal pacchetto GenomicFeatures, ma oltre a recuperare tutti i modelli e annotazioni per geni/trascritti dal database, il pacchetto ensembldb fornisce anche un'infrastruttura per filtri che permette di recuperare annotazioni per voci specifiche come geni codificati su una regione di cromosoma o modelli di trascritti di geni lincRNA.

Other Packages Related to r-bioc-ensembldb

• dep: r-api-4.0

  Package not available

• dep: r-api-bioc-3.20

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• dep: r-bioc-biobase

  funzioni base per Bioconductor

• dep: r-bioc-biocgenerics (>= 0.15.10)

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• dep: r-bioc-genomeinfodb

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  rappresentazione e manipolazione di intervalli genomici di BioConductor

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  contenitori a basso livello per memorizzare insiemi di intervalli di interi per GNU R

• dep: r-bioc-protgenerics

  funzioni S4 generiche per infrastruttura per proteomica di Bioconductor

• dep: r-bioc-rsamtools

  allineamento binario (BAM), variant call (BCF) o importazione di file tabix per GNU R

• dep: r-bioc-rtracklayer

  interfaccia GNU R per navigatori di genomi e loro tracce di annotazione

• dep: r-bioc-s4vectors (>= 0.23.10)

  implementazione di vettori e liste per BioConductor S4

• dep: r-cran-curl

  client web moderno e flessibile per GNU R

• dep: r-cran-dbi

  pacchetto GNU R che fornisce un'interfaccia generica per database

• dep: r-cran-rsqlite (>= 1.1)

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• sug: r-bioc-annotationhub

  client GNU R per accedere a risorse AnnotationHug

• sug: r-bioc-biocstyle

  standard styles for vignettes and other Bioconductor documents

• sug: r-bioc-ggbio (>= 1.24.0)

  Visualization tools for genomic data

• sug: r-bioc-gviz (>= 1.20.0)

  disegno di dati e informazioni di annotazioni vicino a coordinate genomiche

• sug: r-cran-knitr

  GNU R package for dynamic report generation using Literate Programming

• sug: r-cran-rmarkdown

  convert R markdown documents into a variety of formats

• sug: r-cran-testthat

  suite di test di GNU R

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