Package: bali-phy (4.0~beta16+dfsg-1)

[ Source: bali-phy  ]

Experimental package

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inferenza baiesiana di allineamenti e filogenie

BAli-Phy (Bayesian Inference of Alignment and Phylogeny) stima allineamenti multipli di sequenze e alberi evolutivi da sequenze di codoni, amminoacidi o DNA non allineato. BAli-Phy usa MCMC per stimare alberi evolutivi, selezione positiva e lunghezze dei rami mentre fa la media su allineamenti alternativi. BAli-Phy può visualizzare graficamente l'ambiguità degli allineamenti in un diagramma AU (alignment uncertainty).

BAli-Phy può anche stimare filogenie da un allineamento fisso (come MrBayes e BEAST) usando modelli di sostituzione come GTR+gamma. BAli-Phy stima automaticamente tassi relativi per ciascun gene.

Other Packages Related to bali-phy

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  C++ containers and algorithms that implement JSON

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• dep: libcairo2 (>= 1.4.10)

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• dep: libfmt10 (>= 10.1.1+ds1)

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  also a virtual package provided by gnuplot-nox, gnuplot-qt, gnuplot-x11

• rec: r-base

  sistema per calcoli e grafici statistici GNU R

• sug: figtree

  visualizzatore grafico di alberi filogenetici

• sug: seaview

  interfaccia multipiattaforma per l'allineamento di sequenze e filogenia

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Architecture	Package Size	Installed Size	Files
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