Package: r-bioc-gviz (1.50.0+dfsg-1)

[ Source: r-bioc-gviz  ]

Experimental package

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disegno di dati e informazioni di annotazioni vicino a coordinate genomiche

Le analisi di dati genomici richiedono una visualizzazione integrata delle informazioni genomiche note e dei nuovi dati sperimentali. Gviz usa i pacchetti biomaRt e rtracklayer per effettuare le interrogazioni dal vivo delle annotazioni su Ensembl e UCSC e le traduce, ad esempio, in strutture gene/trascritto in viewport del pacchetto grafico grid. Ciò porta al disegno delle informazioni genomiche insieme ai dati dell'utente.

Other Packages Related to r-bioc-gviz

• dep: r-api-4.0

  Package not available

• dep: r-api-bioc-3.20

  virtual package provided by r-bioc-biocgenerics

• dep: r-bioc-annotationdbi (>= 1.27.5)

  GNU R Annotation Database Interface per BioConductor

• dep: r-bioc-biobase (>= 2.15.3)

  funzioni base per Bioconductor

• dep: r-bioc-biocgenerics (>= 0.11.3)

  funzioni generiche per Bioconductor

• dep: r-bioc-biomart (>= 2.11.0)

  interfaccia GNU R ai database BioMart (Ensembl, COSMIC, Wormbase e Gramene)

• dep: r-bioc-biostrings (>= 2.33.11)

  oggetti stringa di GNU R che rappresentano sequenze biologiche

• dep: r-bioc-biovizbase (>= 1.13.8)

  utilità grafiche di base per GNU R per la visualizzazione di dati genomici

• dep: r-bioc-bsgenome (>= 1.33.1)

  infrastruttura BioConductor per pacchetti di dati genomici basati su Biostrings

• dep: r-bioc-ensembldb (>= 2.11.3)

  utilità per GNU R per creare e usare un database di annotazioni basato su Ensembl

• dep: r-bioc-genomeinfodb (>= 1.1.3)

  utilità BioConductor per manipolare identificatori di cromosomi

• dep: r-bioc-genomicalignments (>= 1.1.16)

  rappresentazione e manipolazione di allineamenti genomici corti per BioConductor

• dep: r-bioc-genomicfeatures (>= 1.17.22)

  strumenti per GNU R per fare annotazioni centrate su trascritti e manipolarle

• dep: r-bioc-genomicranges (>= 1.17.20)

  rappresentazione e manipolazione di intervalli genomici di BioConductor

• dep: r-bioc-iranges (>= 1.99.18)

  contenitori a basso livello per memorizzare insiemi di intervalli di interi per GNU R

• dep: r-bioc-rsamtools (>= 1.17.28)

  allineamento binario (BAM), variant call (BCF) o importazione di file tabix per GNU R

• dep: r-bioc-rtracklayer (>= 1.25.13)

  interfaccia GNU R per navigatori di genomi e loro tracce di annotazione

• dep: r-bioc-s4vectors (>= 0.9.25)

  implementazione di vettori e liste per BioConductor S4

• dep: r-bioc-xvector (>= 0.5.7)

  rappresentazione e manipolazione di sequenze esterne per BioConductor

• dep: r-cran-digest (>= 0.6.8)

  pacchetto GNU R per "hash digest" di strutture dati di R

• dep: r-cran-lattice

  pacchetto GNU R per grafici "Trellis"

• dep: r-cran-latticeextra (>= 0.6-26)

  pacchetto GNU R per visualizzazioni grafiche aggiuntive basate su griglie

• dep: r-cran-matrixstats (>= 0.8.14)

  metodi GNU R che si applicano a righe e colonne di una matrice

• dep: r-cran-rcolorbrewer

  pacchetto GNU R che fornisce tavolozze adeguate di colori

• sug: r-bioc-biocstyle

  standard styles for vignettes and other Bioconductor documents

• sug: r-cran-knitr

  GNU R package for dynamic report generation using Literate Programming

• sug: r-cran-rmarkdown

  convert R markdown documents into a variety of formats

• sug: r-cran-testthat

  suite di test di GNU R

• sug: r-cran-xml2

  analizzatore XML per GNU R

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