Package: r-bioc-biomart (2.62.0+dfsg-1)

[ Source: r-bioc-biomart  ]

Experimental package

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interfaccia GNU R ai database BioMart (Ensembl, COSMIC, Wormbase e Gramene)

Negli anni recenti una messe di dati biologici è diventata disponibile in repository pubblici di dati. Un facile accesso a tali preziose risorse di dati e una solida integrazione con l'analisi dei dati sono una necessità per una esauriente analisi di dati bioinformatici. biomaRt fornisce un'interfaccia per una crescente raccolta di database che implementa la suite di software BioMart (http://www.biomart.org). Questo pacchetto permette di recuperare grandi quantità di dati in maniera uniforme senza la necessità di conoscere gli schemi del database sottostante o di scrivere complesse interrogazioni SQL. Esempi dei database BioMart sono Ensembl, COSMIC, Uniprot, HGNC, Gramene, Wormbase e dbSNP mappato su Ensembl. Tali importanti database danno agli utenti di biomaRt accesso diretto a un insieme variegato di dati e permettono un'ampia gamma di potenti interrogazioni online dall'annotazione dei geni al database mining.

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  Package not available

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  GNU R Annotation Database Interface per BioConductor

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  GNU R management of files across sessions

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  client web moderno e flessibile per GNU R

• dep: r-cran-digest

  pacchetto GNU R per "hash digest" di strutture dati di R

• dep: r-cran-httr2

  esecuzione di richieste HTTP ed elaborazione delle risposte in GNU R

• dep: r-cran-progress

  barre di avanzamento per il terminale di GNU R

• dep: r-cran-rappdirs

  directory delle applicazioni per GNU R

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  rende più semplice lavorare con stringhe

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  analizzatore XML per GNU R

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  standard styles for vignettes and other Bioconductor documents

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  Test Helpers for 'httr2'

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  libreria di mock per GNU R

• sug: r-cran-rmarkdown

  convert R markdown documents into a variety of formats

• sug: r-cran-testthat

  suite di test di GNU R

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