Package: sickle (1.33+git20150314.f3d6ae3-1)

[ Source: sickle  ]

strumento di taglio adattivo su finestre per file FASTQ usando la qualità

La maggior parte delle moderne tecnologie di sequenziamento produce letture che hanno una qualità che si deteriora verso il terminale 3'. Le basi identificate in maniera non corretta impattano negativamente su assemblati, mappature e analisi bioinformatiche successive.

Sickle è uno strumento che usa finestre mobili insieme a soglie di qualità e lunghezza per determinare quando la qualità è sufficientemente bassa da tagliare il terminale 3' delle letture. Scarterà anche le letture sulla base della soglia di lunghezza. Prende i valori della qualità e fa scorrere su di essi una finestra, la cui lunghezza è 0,1 volte la lunghezza della lettura. Se questa lunghezza è minore di 1, allora la finestra è impostata uguale alla lunghezza della lettura. Altrimenti, la finestra scorre lungo i valori della qualità finché la qualità media nella finestra cade sotto alla soglia. A quel punto l'algoritmo determina dove nella finestra avviene la caduta e taglia in quel punto la lettura e le stringhe della qualità. Tuttavia, se il punto di taglio è minore della soglia della lunghezza minima, allora la lettura è scartata interamente.

Sickle supporta quattro tipi di valori della qualità: Illumina, Solexa, Phred e Sanger. Notare che l'impostazione della qualità Solexa è un'approssimazione (la vera conversione è una trasformazione non lineare). L'approssimazione finale è vicina.

Sickle supporta anche input da file compressi con gzip.

Other Packages Related to sickle

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  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.17) [arm64]

  dep: libc6 (>= 2.4) [armhf, i386]

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  libreria di compressione - runtime

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Architecture	Package Size	Installed Size	Files
amd64	18.1 kB	52.0 kB	[list of files]
arm64	17.0 kB	48.0 kB	[list of files]
armhf	16.2 kB	39.0 kB	[list of files]
i386	18.8 kB	55.0 kB	[list of files]