Package: abacas (1.3.1-5)

[ Source: abacas  ]

chiude vuoti in allineamenti genomici da letture corte

ABACAS (Algorithm Based Automatic Contiguation of Assembled Sequences, disposizione automatica in modo contiguo, basata su algoritmi, di sequenze assemblate) è pensato per organizzare in modo contiguo (allineare, ordinare, orientare), visualizzare e progettare primer rapidamente per chiudere vuoti su sequenze contigue assemblate con metodo shotgun basate su una sequenza di riferimento.

ABACAS usa MUMmer per trovare le posizioni di allineamenti e identificare sintenie di sequenze contigue assemblate rispetto al riferimento. L'output è quindi elaborato per generare una pseudomolecola prendendo in considerazione le sequenze contigue sovrapponibili e i vuoti. ABACAS genera un file di confronto che può essere usato per visualizzare sequenze contigue ordinate e orientate in ACT. Le sintenie sono rappresentate con barre rosse la cui densità di colore decresce con valori minori dell'uguaglianza percentuale tra i blocchi confrontabili. Le informazioni sulle sequenze contigue, come l'orientamento, l'uguaglianza percentuale, la copertura e la sovrapposizione con altre sequenze contigue possono anche essere visualizzate caricando il file di output con le caratteristiche in ACT.

Tags: Field: Biology, Bioinformatics, Implemented in: implemented-in::perl, interface::commandline, User Interface: Text-based Interactive, Role: role::program, scope::utility

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