Package: wigeon (20101212+dfsg1-2)
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Debian Resources:
Download Source Package microbiomeutil:
- [microbiomeutil_20101212+dfsg1-2.dsc]
- [microbiomeutil_20101212+dfsg1.orig.tar.xz]
- [microbiomeutil_20101212+dfsg1-2.debian.tar.xz]
Maintainers:
External Resources:
- Homepage [microbiomeutil.sourceforge.net]
Similar packages:
reimplementazione dell'utilità Pintail di rilevazione di anomalie nel DNA 16S
WigeoN esamina la conservazione delle sequenze tra un'interrogazione e una sequenza di riferimento fidata, entrambe nel formato di allineamento NAST. Sulla base dell'identità della sequenza tra l'interrogazione e la sequenza di riferimento esiste una quantità attesa di variazione nell'allineamento. Se la variazione osservata è maggiore del quantile del 95% della distribuzione di variazione osservata tra sequenze non anomale, allora è segnalata come anomalia.
WigeoN è una reimplementazione flessibile a riga di comando dell'algoritmo Pintail pubblicato in Appl Environ Microbiol. 2005 Dec;7112:7724-36.
WigeoN è utile per contrassegnare chimere e anomalie solo in sequenze di rRNA 16S di lunghezza quasi completa. WigeoN non ha la sensibilità per sequenze inferiori a 1000 pb.
Per eseguire WigeoN servono delle sequenze in formato NAST generate dall'utilità nast-ier.
WigeoN fa parte della suite microbiomeutil.
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- dep: microbiomeutil-data
- sequenze 16S e allineamenti NAST di riferimento usati dagli strumenti microbiomeutil
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- rec: nast-ier
- strumento per allineamento di DNA basato su NAST
Download wigeon
Architecture | Package Size | Installed Size | Files |
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all | 29.3 kB | 168.0 kB | [list of files] |