Package: progressivemauve (1.2.0+4713+dfsg-4)

[ Source: progressivemauve  ]

algoritmi per allineamenti multipli di genomi

Gli algoritmi di allineamento mauveAligner e progressiveMauve sono stati implementati come programmi a riga di comando inclusi con il software scaricabile Mauve. Quando eseguiti dalla riga di comando, tali programmi forniscono opzioni non ancora disponibili nell'interfaccia grafica.

Mauve è un sistema per costruire in modo efficiente allineamenti multipli di genomi in presenza di eventi evolutivi su grande scala, come riarrangiamenti ed inversioni. L'allineamento multiplo di genomi fornisce una base per la ricerca nel campo della genomica comparativa e per lo studio della dinamica evolutiva. L'allineamento di interi genomi è un problema sostanzialmente diverso dall'allineamento di sequenze corte.

Mauve è stato sviluppato con l'idea che un allineatore di genomi multipli dovrebbe richiedere risorse di calcolo modeste. Utilizza tecniche algoritmiche che scalano bene con la quantità di sequenze da allineare. Per esempio una coppia di genomi di Y. pestis può essere allineata in meno di un minuto, mentre un gruppo di 9 genomi divergenti di enterobatteri può essere allineato in alcune ore.

Mauve calcola e visualizza in modo interattivo confronti tra sequenze genomiche. Usando dati di sequenze FastA o GenBank, Mauve costruisce allineamenti multipli di genomi che identificano riarrangiamenti su larga scala, acquisizione e perdita di geni, indel e sostituzione di nucleotidi.

Mauve è sviluppato all'University of Wisconsin.

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  allineamento multiplo di genomi

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