Package: belvu (4.44.1+dfsg-3)

[ Source: seqtools  ]

visualizzatore di allineamenti multipli di sequenze e strumento filogenetico

Belvu è un visualizzatore di allineamenti multipli di sequenze e strumento filogenetico con un esteso insieme di modalità configurabili dall'utente per colorare i residui.

 * Visualizza allineamenti multipli di sequenze.
 * I residui possono essere colorati per conservazione, con soglia e
   colori configurabili dall'utente.
 * I residui possono essere colorati per tipo di residuo (configurabile
   dall'utente.
 * Gli schemi dei colori possono essere importati o esportati.
 * Le voci Swissprot (o PIR) possono essere recuperate tramite doppio
   clic.
 * La posizione nell'allineamento può essere facilmente tracciata.
 * Eliminazione manuale di righe e colonne.
 * Modifica automatica di righe e colonne sulla base di criteri
   personalizzabili:
    - rimozione di colonne con soli gap;
    - rimozione di tutti i gap;
    - rimozione di sequenze ridondanti;
    - rimozione di una colonna in base a una percentuale di gap
      specificata dall'utente;
    - filtraggio di sequenze in base a una percentuale di identicità;
    - rimozione di sequenze in base a una percentuale di gap
      specificata dall'utente;
    - rimozione di sequenze parziali (quelle che iniziano o finiscono
      con gap);
    - rimozione di colonne per conservazione (con soglia superiore e
      inferiore specificate dall'utente).
 * L'allineamento può essere salvato nei formati Stockholm, Selex, MSF o
   FASTA.
 * Le matrici di distanza tra sequenze possono essere generate usando
   svariate metriche di distanza.
 * Le matrici di distanza possono essere importate o esportate.
 * Gli alberi filogenetici possono essere costruiti sulla base di
   svariati algoritmi di ricostruzione dell'albero basati sulla distanza.
 * Gli alberi possono essere salvati nel formato New Hampshire.
 * Belvu può eseguire la ricostruzione filogenetica bootstrap.

Tags: Interface Toolkit: GTK

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