Package: cain-examples (1.10+dfsg-3)

[ Source: cain  ]

esempi per cain

Cain effettua simulazioni stocastiche e deterministiche di reazioni chimiche. Può generare più processi di simulazione per utilizzare computer con più core. Memorizza l'output di modelli, metodi e simulazioni (conteggi di popolazioni e di reazioni) in un formato XML. In aggiunta i modelli SBML possono essere importati ed esportati. I modelli e i metodi possono essere letti da file di input o modificati all'interno del programma.

La GUI (Graphical User Interface, interfaccia utente grafica) è scritta in Python e utilizza il toolkit wxPython. La maggior parte dei risolutori sono implementati come eseguibili da riga di comando, scritti in C++, che sono pilotati da Cain. Questo rende semplice eseguire lavori non interattivi. Semplifica anche il processo di aggiunta di nuovi risolutori. Cain mette a disposizione diversi risolutori:

 * metodo diretto di Gillespie,
 * metodo della prima reazione di Gillespie,
 * metodo della prossima reazione di Gibson e Bruck,
 * tau-leaping,
 * ibrido diretto/tau-leaping,
 * integrazione ODE.

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