Package: prank (0.0.170427+dfsg-2)
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- [prank_0.0.170427+dfsg-2.dsc]
- [prank_0.0.170427+dfsg.orig.tar.xz]
- [prank_0.0.170427+dfsg-2.debian.tar.xz]
Maintainers:
External Resources:
- Homepage [wasabiapp.org]
Similar packages:
kit per allineamenti probabilistici di sequenze di DNA, codoni e amminoacidi
PRANK è un programma per allineamenti multipli probabilistici per sequenze di DNA, codoni e amminoacidi. È basato su un algoritmo innovativo che tratta le inserzioni correttamente e evita di sovrastimare il numero degli eventi di delezione. In aggiunta PRANK prende a prestito idee dai metodi di massima verosimiglianza usati in filogenetica e prende in considerazione correttamente le distanze evolutive tra le sequenze. Da ultimo, PRANK permette di definire una struttura potenziale per le sequenze da allineare e poi, contemporaneamente all'allineamento, predice le posizioni delle unità strutturali nelle sequenze.
PRANK è un programma a riga di comando per ambienti in stile UNIX, ma lo stesso motore di allineamento delle sequenze è implementato nel programma grafico PRANKSTER. In aggiunta a fornire un'interfaccia facile da usare per coloro che non hanno familiarità con i sistemi Unix, PRANKSTER è un navigatore di allineamenti per gli allineamenti salvati in formato HSAML. Il nuovo formato permette di memorizzare tutte le informazioni generate dallo strumento di allineamento e il navigatore di allineamenti è un modo comodo per analizzare e manipolare i dati.
PRANK mira ad un allineamento di sequenze corretto dal punto di vista evolutivo e spesso il risultato è diverso da quelli generati con altri metodi di allineamento. Ci sono, tuttavia, casi in cui l'aspetto diverso è causato da violazioni degli assunti del metodo. Per capire perché le cose possono andare storto e come evitarlo, leggere la spiegazione delle differenze tra PRANK e i metodi tradizionali di allineamento progressivo.
Other Packages Related to prank
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- dep: libc6 (>= 2.27)
- Libreria C GNU: librerie condivise
also a virtual package provided by libc6-udeb
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- dep: libgcc1 (>= 1:3.5)
- libreria di supporto a GCC
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- dep: libstdc++6 (>= 5.2)
- libreria GNU Standard C++, versione 3
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- enh: t-coffee
- allineamento di sequenze multiple
Download prank
Architecture | Package Size | Installed Size | Files |
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armhf | 322.5 kB | 712.0 kB | [list of files] |