selezione di modelli di best-fit per evoluzione di proteine
PROTTEST (parente di ModelTest) è un programma per selezionare il modello
di evoluzione di una proteina che meglio si adatta a un dato insieme di
sequenze (allineamento). Questo programma in Java è basato sul programma
Phyml (per calcoli col metodo della massima verosimiglianza e
ottimizzazione dei parametri) e usa anche la libreria PAL. I modelli
inclusi sono matrici empiriche di sostituzione (come WAG, LG, mtREV,
Dayhoff, DCMut, JTT, VT, Blosum62, CpREV, RtREV, MtMam, MtArt, HIVb e HIVw)
che indicano i tassi relativi di sostituzione di aminoacidi e specifici
miglioramenti (+I: siti invarianti, +G: tasso di eterogeneità tra siti, +F:
frequenze osservate di aminoacidi) per tenere conto di vincoli evolutivi
imposti dalla conservazione della struttura e della funzione delle
proteine. ProtTest usa l'Akaike Information Criterion (AIC) e altre
statistiche (AICc e BIC) per trovare quale dei modelli candidati si adatta
meglio ai dati a disposizione.
