Package: wigeon (20101212+dfsg1-4)

[ Source: microbiomeutil  ]

reimplementazione dell'utilità Pintail di rilevazione di anomalie nel DNA 16S

WigeoN esamina la conservazione delle sequenze tra un'interrogazione e una sequenza di riferimento fidata, entrambe nel formato di allineamento NAST. Sulla base dell'identità della sequenza tra l'interrogazione e la sequenza di riferimento esiste una quantità attesa di variazione nell'allineamento. Se la variazione osservata è maggiore del quantile del 95% della distribuzione di variazione osservata tra sequenze non anomale, allora è segnalata come anomalia.

WigeoN è una reimplementazione flessibile a riga di comando dell'algoritmo Pintail pubblicato in Appl Environ Microbiol. 2005 Dec;7112:7724-36.

WigeoN è utile per contrassegnare chimere e anomalie solo in sequenze di rRNA 16S di lunghezza quasi completa. WigeoN non ha la sensibilità per sequenze inferiori a 1000 pb.

Per eseguire WigeoN servono delle sequenze in formato NAST generate dall'utilità nast-ier.

WigeoN fa parte della suite microbiomeutil.

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