Package: q2-sample-classifier (2020.11.1-3)

[ Source: q2-sample-classifier  ]

plugin QIIME 2 per la predizione con apprendimento macchina di dati campionari

QIIME 2 è un pacchetto per analisi del microbioma potente, estensibile e decentralizzato con attenzione a trasparenza di analisi e dati. QIIME2 permette ai ricercatori di iniziare un'analisi con dati di sequenze di DNA grezze e finire con figure di qualità di pubblicazione e risultati statistici. Caratteristiche principali:

 * tracciamento integrato e automatico della provenienza dei dati;
 * sistema di tipi semantici;
 * sistema a plugin per estendere le funzionalità di analisi del
   microbioma;
 * gestione per più tipi di interfacce utente (es. API, riga di comando,
   grafica).

QIIME 2 è un completo rifacimento e riscrittura della catena di analisi di microbioma QIIME 1. QIIME 2 risolve molte delle limitazioni di QIIME 1 mantenendo al contempo le funzionalità che fanno di QIIME 1 una catena di analisi potente e ampiamente utilizzata.

QIIME 2 attualmente gestisce una catena di elaborazione iniziale end-to-end per analisi del microbioma. Nuove funzionalità diventeranno regolarmente disponibili attraverso plugin per QIIME 2. Si può vedere un elenco dei plugin attualmente disponibili sulla pagina dei plugin disponibili di QIIME 2. La pagina dei plugin futuri elenca i plugin che sono in fase di sviluppo.

Gli studi sul microbioma spesso mirano a predire risultati o a differenziare campioni sulla base della loro composizione microbica, compiti che possono essere effettuati efficientemente da metodi di apprendimento supervisionato. Il plugin q2-sample-classifier rende tali metodi più accessibili, riproducibili e interpretabili per una vasta platea di microbiologi, clinici e altri che desiderano utilizzare metodi di apprendimento supervisionato per predire caratteristiche dei campioni sulla base della composizione del microbioma o altri dati di "omica".

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• dep: python3

  linguaggio interattivo di alto livello orientato agli oggetti (versione python3 predefinita)

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  pacchetto distutils per Python 3.x

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  plugin QIIME 2 per gestione di operazioni su tabelle di caratteristiche

• dep: q2-types

  plugin QIIME 2 che definisce tipi per analisi di microbioma

• dep: qiime (>= 2020.11.0)

  Quantitative Insights Into Microbial Ecology

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