Package: metaphlan2-data (2.6.0+ds-4)

[ Source: metaphlan2-data  ]

pacchetto di dati per analisi filogenetica metagenomica

MetaPhlAn (Metagenomic Phylogenetic Analysis) è uno strumento computazionale per profilare la composizione di comunità microbiche (batteri, archei, eucarioti e virus) da dati di sequenziamento metagenomico shotgun con risoluzione a livello di specie. Dalla versione 2.0, MetaPhlAn è anche in grado di identificare ceppi specifici (in casi non così frequenti in cui il campione contenga ceppi precedentemente sequenziati) e di tracciare i ceppi per tutte le specie tra i vari campioni.

MetaPhlAn 2.0 si basa su ~1M geni marcatori unici specifici di un clade (il file con le informazioni sui marcatori può essere trovato in src/utils/markers_info.txt.bz2 o qui) identificati da ~17000 genomi di riferimento (~13500 di batteri e archei, ~3500 da virus e ~110 da eucarioti), che permettono:

 * assegnazioni tassonomiche non ambigue;
 * stime accurate dell'abbondanza relativa degli organismi;
 * risoluzione a livello di specie per batteri, archei, eucarioti e virus;
 * identificazione e tracciatura dei ceppi;
 * incrementi di velocità di ordini di magnitudine in confronto ai metodi
   esistenti;
 * genomica di popolazione a livello di ceppi metagenomica.

Questo pacchetto contiene i dati per metaphlan2.

Other Packages Related to metaphlan2-data

• dep: bowtie2

  allineatore di letture brevi ultraveloce ed efficiente

• dep: debconf (>= 0.5)

  sistema Debian di gestione della configurazione

  or debconf-2.0

  virtual package provided by cdebconf, cdebconf-udeb, debconf

Download metaphlan2-data

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
all	199,534.9 kB	753,107.0 kB	[list of files]