Package: libjellyfish-perl (2.3.0-10)
Links for libjellyfish-perl
Debian Resources:
Download Source Package jellyfish:
Maintainers:
- Debian Med Packaging Team (QA Page, Mail Archive)
- Shaun Jackman (QA Page)
- Andreas Tille (QA Page)
- Michael R. Crusoe (QA Page)
External Resources:
- Homepage [www.cbcb.umd.edu]
Similar packages:
conta i k-meri in sequenze di DNA (collegamenti Perl di jellyfish)
JELLYFISH è uno strumento per contare in modo veloce ed efficiente in termini di memoria i k-meri nel DNA. Un k-mero è una sottostringa di lunghezza k, e contare le occorrenze di tutte queste sottostringhe è un passo fondamentale in molte analisi delle sequenze del DNA. JELLYFISH può contare i k-meri usando una quantità di memoria un ordine di grandezza più piccola e una velocità di un ordine di grandezza più grande di quelle degli altri pacchetti per il conteggio dei k-meri, grazie all'uso di una codifica efficiente di una tabella hash e sfruttando l'istruzione "compare-and-swap" della CPU per aumentare il parallelismo.
JELLYFISH è un programma a riga di comando che legge file FASTA e multi-FASTA contenenti sequenze di DNA. Produce in output il suo conteggio dei k-meri in formato binario, che può essere tradotto in testo intelligibile usando il comando "jellyfish dump".
Questo pacchetto contiene i collegamenti Perl di jellyfish.
Other Packages Related to libjellyfish-perl
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- dep: libc6 (>= 2.17)
- Libreria C GNU: librerie condivise
also a virtual package provided by libc6-udeb
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- dep: libgcc-s1 (>= 3.0)
- libreria di supporto a GCC
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- dep: perl
- "Practical Extraction and Report Language" di Larry Wall
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- dep: perlapi-5.32.1
- virtual package provided by perl-base
Download libjellyfish-perl
| Architecture | Package Size | Installed Size | Files |
|---|---|---|---|
| ppc64el | 54.8 kB | 230.0 kB | [list of files] |