Package: jellyfish (2.3.0-10)
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Maintainers:
- Debian Med Packaging Team (QA Page, Mail Archive)
- Shaun Jackman (QA Page)
- Andreas Tille (QA Page)
- Michael R. Crusoe (QA Page)
External Resources:
- Homepage [www.cbcb.umd.edu]
Similar packages:
conta i k-meri in sequenze di DNA
JELLYFISH è uno strumento per contare in modo veloce ed efficiente in termini di memoria i k-meri nel DNA. Un k-mero è una sottostringa di lunghezza k, e contare le occorrenze di tutte queste sottostringhe è un passo fondamentale in molte analisi delle sequenze del DNA. JELLYFISH può contare i k-meri usando una quantità di memoria un ordine di grandezza più piccola e una velocità di un ordine di grandezza più grande di quelle degli altri pacchetti per il conteggio dei k-meri, grazie all'uso di una codifica efficiente di una tabella hash e sfruttando l'istruzione "compare-and-swap" della CPU per aumentare il parallelismo.
JELLYFISH è un programma a riga di comando che legge file FASTA e multi-FASTA contenenti sequenze di DNA. Produce in output il suo conteggio dei k-meri in formato binario, che può essere tradotto in testo intelligibile usando il comando "jellyfish dump".
Other Packages Related to jellyfish
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- dep: libc6 (>= 2.29)
- Libreria C GNU: librerie condivise
also a virtual package provided by libc6-udeb
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- dep: libgcc-s1 (>= 3.0)
- libreria di supporto a GCC
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- dep: libhts3 (>= 1.10)
- libreria C per formati di dati di sequenziamento ad alte prestazioni
-
- dep: libjellyfish-2.0-2 (= 2.3.0-10)
- conta i k-meri in sequenze di DNA (libreria dinamica di jellyfish)
-
- dep: libstdc++6 (>= 9)
- libreria GNU Standard C++, versione 3
Download jellyfish
| Architecture | Package Size | Installed Size | Files |
|---|---|---|---|
| ppc64el | 739.1 kB | 2,957.0 kB | [list of files] |