[ Source: gff2aplot ]
Package: gff2aplot (2.0-13)
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- Homepage [genome.imim.es]
Similar packages:
grafici di allineamento di coppie per sequenze genomiche in PostScript
Un programma per visualizzare l'allineamento di due sequenze genomiche insieme con le loro annotazioni. A partire da file di input in formato GFF produce immagini PostScript per tali allineamenti. La seguente lista elenca molte delle funzionalità di gff2aplot.
* Grafici di allineamento esaurienti per qualsiasi funzionalità di GFF. Gli attributi sono definiti separatamente in modo da poter modificare qualsiasi attributo per un dato file o condividere la stessa configurazione tra diversi insiemi di dati. * Tutti i parametri sono impostati in modo predefinito all'interno del programma, ma può anche essere completamente configurato attraverso file di personalizzazione flessibili in stile gff2ps. Il programma può gestire diversi di questi file, riassumendo tutte le impostazioni prima di produrre l'immagine corrispondente. In più tutti i parametri di configurazione possono essere impostati attraverso opzioni da riga di comando; ciò permette agli utenti di provare i parametri prima di aggiungerli ad un file di personalizzazione. * L'ordine dei sorgenti è preso dai file in input; se si inverte l'ordine dei file si può visualizzare l'allineamento con le sue annotazioni per la nuova disposizione in input. * Tutti i punteggi di allineamento possono essere visualizzati in un riquadro PiP sotto all'area gff2aplot, in gradazione di grigi, in toni di un colore definito dall'utente o in gradienti dipendenti dal punteggio. * Può usare caratteri scalabili, che possono anche essere scelti tra i caratteri di base predefiniti di PostScript. Le etichette di elementi e gruppi possono essere ruotate per migliorare le leggibilità su entrambi gli assi. * Il programma è ancora definito come filtro Unix perciò può gestire dati da file, ridirezioni e pipe, può scrivere l'output sullo standard output e avvertimenti sullo standard error. * gff2aplot può gestire molti formati fisici di pagina (da A0 a A10 e altri ancora: vedere il manuale per le dimensioni di pagina disponibili), inclusi quelli definiti dall'utente. Ciò permette, ad esempio, la creazione di mappe genomiche su poster o l'uso di un dispositivo di disegno che supporta carta in modulo continuo, sia in formato orizzontale sia verticale. * Si possono tracciare allineamenti diversi sullo stesso grafico di allineamento e distinguerli usando un colore differente per ognuno. * Il dizionario delle forme è stato espanso perciò ulteriori forme degli elementi sono ora disponibili (vedere il manuale). * Le proiezioni delle annotazioni nei grafici di allineamento (i "nastri") emulano la trasparenza usando colori di riempimento complementari. Questa funzione permette di mostrare pseudo-sfumature dei colori quando nastri orizzontali e verticali si sovrappongono.
Other Packages Related to gff2aplot
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- dep: libc6 (>= 2.17)
- Libreria C GNU: librerie condivise
also a virtual package provided by libc6-udeb
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- dep: perl
- "Practical Extraction and Report Language" di Larry Wall
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- rec: ghostscript
- interprete per il linguaggio PostScript e PDF
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- rec: graphicsmagick
- raccolta di strumenti per l'elaborazione di immagini
- or imagemagick
- programmi per la manipolazione di immagini -- binari
also a virtual package provided by graphicsmagick-imagemagick-compat, imagemagick-6.q16
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- sug: gff2ps
- produce PostScript grafico da file GFF
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- sug: postscript-viewer
- virtual package provided by atril, evince, ghostscript, gv, okular, qpdfview-ps-plugin, zathura-ps
Download gff2aplot
Architecture | Package Size | Installed Size | Files |
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ppc64el | 239.6 kB | 1,484.0 kB | [list of files] |