Package: maq (0.7.1-9)

[ Source: maq  ]

mappatura di corte sequenze di lunghezza fissa di DNA polimorfo su sequenze di riferimento

Maq (abbreviazione di Mappatura e Assemblaggio con Qualità) costruisce assemblaggi per mappatura a partire da corte letture generate dalle apparecchiature di sequenziamento di seconda generazione. È pensato principalmente per l'analizzatore Illumina-Solexa 1G Genetic Analyzer ed ha una preliminare capacità di gestire dati ABI SOLiD. Maq si chiamava prima mapass2.

Lo sviluppo di Maq si è fermato nel 2008. I suoi successori sono BWA e SAMtools.

Tags: Field: Biology, Bioinformatics, Implemented in: implemented-in::c++, implemented-in::perl, User Interface: Command Line, Role: role::program, scope::utility, Purpose: Need an extra tag, Analysing, use::comparing, use::searching, Supports Format: Need an extra tag, works-with-format::plaintext, works-with::TODO

Other Packages Related to maq

• dep: libc6 (>= 2.29)

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 4.2)

  libreria di supporto a GCC

• dep: libstdc++6 (>= 5)

  libreria GNU Standard C++, versione 3

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3)

  libreria di compressione - runtime

• sug: bwa

  Burrows-Wheeler Aligner

• sug: samtools

  elaborazioni di allineamenti di sequenze nei formati SAM, BAM e CRAM

Download maq

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Architecture	Package Size	Installed Size	Files
mipsel	303.5 kB	577.0 kB	[list of files]