Package: python3-biom-format (2.1.10-1 and others)

[ Source: python-biom-format  ]

formato BIOM (Biological Observation Matrix) (Python 3)

Il formato di file BIOM (Biological Observation Matrix, matrice di osservazioni biologiche) è progettato per essere un formato di uso generico per rappresentare campioni biologici con tabelle di contingenza delle osservazioni. BIOM è uno standard riconosciuto per l'Earth Microbiome Project ed è un progetto candidato del Genomics Standards Consortium.

Il formato BIOM è progettato per l'uso generico in vaste aree delle scienze -omiche comparative. Per esempio, in indagini su geni marker, l'uso principale di questo formato è quello di rappresentare tabelle OTU: in questo caso le osservazioni sono OTU e la matrice contiene i conteggi corrispondenti al numero di volte che ogni singola OTU è stata osservata in ciascun campione. Nel caso di dati di metagenomi, questo formato può essere usato per rappresentare tabelle metagenomiche: le osservazioni in questo caso potrebbero corrispondere ai sottosistemi SEED e la matrice conterrebbe i conteggi corrispondenti al numero di volte che ogni sottosistema è stato osservato in ciascun metagenoma. Analogamente, nel caso di dati genomici, questo formato può essere usato per rappresentare un insieme di genomi: le osservazioni in questo caso corrisponderebbero ancora una volta ai sottosistemi SEED e i conteggi corrisponderebbero al numero di volte che ogni sottosistema è stato osservato in ciascun genoma.

Questo pacchetto fornisce la libreria per il formato BIOM per l'interprete Python 3.

Other Packages Related to python3-biom-format

• dep: cython3

  estensioni C per Python 3

• dep: libc6 (>= 2.4)

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: python3

  linguaggio interattivo di alto livello orientato agli oggetti (versione python3 predefinita)

  dep: python3 (<< 3.10)

  dep: python3 (>= 3.9~)

• dep: python3-click

  wrapper di optparse per utilità a riga di comando - Python 3.x

• dep: python3-future

  compatibilità pulita con Python 3 e 2 in un singolo sorgente - Python 3.x

• dep: python3-h5py

  interfaccia Python di uso generico per hdf5

• dep: python3-h5py-serial

  interfaccia Python di uso generico per hdf5 (Python 3 seriale)

• dep: python3-numpy (>= 1:1.16.0~rc1)

  veloce struttura per array per il linguaggio Python 3

• dep: python3-numpy-abi9

  virtual package provided by python3-numpy

• dep: python3-pandas

  strutture dati per dati "relazionali" o "etichettati"

• dep: python3-scipy

  strumenti scientifici per Python 3

• dep: python3-six (>= 1.10.0)

  libreria di compatibilità per Python 2 e 3 (interfaccia Python 3)

• sug: python-biom-format-doc

  documentazione del formato BIOM

Download python3-biom-format

Download for all available architectures

Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
mips64el	2.1.10-1+b1	122.6 kB	762.0 kB	[list of files]