Package: mapsembler2 (2.2.4+dfsg1-3)

[ Source: mapsembler2  ]

software per assemblaggio pensato per la bioinformatica

Mapsembler2 è un software di assemblaggio pensato per la bioinformatica. Accetta in input un insieme di letture grezze NGS (fasta o fastQ, compresse con gzip o meno) e un insieme di sequenze di input (starter).

Come prima cosa determina se ogni starter è coerente a livello di letture, ad esempio se le letture confermano la presenza di ciascun starter nella sequenza originale. Poi, per ogni starter coerente con le letture, Mapsembler2 produce in output le sue sequenze vicine come sequenza lineare o come grafo, a seconda della scelta dell'utente.

Mapsempler2 può essere usato per (ma non è limitato a questo):

 - validare una sequenza assemblata (data in input come starter), per
   esempio da un assemblato con grafo di de Bruijn in cui non è stata
   imposta la coerenza con le letture;
 - controlla se un gene (dato in input come starter) ha un omologo in un
   insieme di letture;
 - controlla se un enzima conosciuto è presente in un insieme di letture
   NGS metagenomico;
 - arricchisce letture non mappabili estendendole, rendendole
   eventualmente mappabili;
 - controlla cosa accade alle estremità di un contig;
 - rimuove contaminanti o letture simbionti da un insieme di letture.

Other Packages Related to mapsembler2

• dep: bc

  linguaggio di calcolo a precisione arbitraria GNU bc

• dep: libc6 (>= 2.29)

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0)

  libreria di supporto a GCC

• dep: libgomp1 (>= 4.9)

  libreria di supporto GOMP (GCC OpenMP)

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  libreria GNU Standard C++, versione 3

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.4)

  libreria di compressione - runtime

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Architecture	Package Size	Installed Size	Files
amd64	707.2 kB	1,282.0 kB	[list of files]
arm64	685.2 kB	1,246.0 kB	[list of files]
ppc64el	722.1 kB	1,570.0 kB	[list of files]
s390x	683.0 kB	1,306.0 kB	[list of files]