Package: gasic (0.0.r19-7)

[ Source: gasic  ]

correzione della similarità dell'abbondanza del genoma

Un obiettivo dell'analisi metagenomica basata sul sequenziamento è la valutazione tassonomica quantitativa delle composizioni delle comunità microbiche. Tuttavia, la maggioranza degli approcci o quantifica a bassa risoluzione (es. a livello di phylum) o ha gravi problemi nel distinguere specie estremamente simili. Ciononostante, un'accurata quantificazione a livello di specie è desiderabile in applicazioni come diagnostica metagenomica o confronto di comunità. GASiC è un metodo per correggere i risultati dell'allineamento delle letture per le ambiguità imposte dalle similarità dei genomi. Ha prestazioni superiori rispetto ai metodi esistenti.

Other Packages Related to gasic

• dep: bowtie

  allineatore di letture brevi ultraveloce ed efficiente in termini di memoria

• dep: bowtie2

  allineatore di letture brevi ultraveloce ed efficiente

• dep: bwa

  Burrows-Wheeler Aligner

• dep: python3

  linguaggio interattivo di alto livello orientato agli oggetti (versione python3 predefinita)

• dep: python3-biopython

  libreria Python 3 per bioinformatica

• dep: python3-matplotlib

  sistema di tracciamento grafici basato su Python in uno stile simile a Matlab (Python 3)

• dep: python3-numpy

  veloce struttura per array per il linguaggio Python 3

• dep: python3-pysam

  interfaccia al formato SAM/BAM per allineamento e mappatura di sequenze (Python 3)

• dep: python3-scipy

  strumenti scientifici per Python 3

• dep: seqan-apps

  libreria C++ per l'analisi di sequenze biologiche

• sug: gasic-examples

  correzione della similarità dell'abbondanza del genoma (dati di esempio)

Download gasic

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
all	20.5 kB	81.0 kB	[list of files]