Package: seaview (1:5.0.4-1)
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interfaccia multipiattaforma per l'allineamento di sequenze e filogenia
SeaView è un visualizzatore ed editor per allineamenti multipli di sequenze, cioè sequenze di DNA o proteine sono posizionate ciascuna nella propria riga separata, in modo che il nucleotide/aminoacido in una particolare posizione (colonna) sia considerato avere la stessa proprietà biochimica.
SeaView legge e scrive vari formati di file (NEXUS, MSF, CLUSTAL, FASTA, PHYLIP, MASE, Newick) di sequenze di DNA e proteiche e di alberi filogenetici. Gli allineamenti possono essere modificati a mano. È il motore dei programmi Muscle o Clustal Omega per l'allineamento multiplo di sequenze e permette anche di utilizzare qualsiasi algoritmo esterno di allineamento in grado di leggere e scrivere file in formato FASTA. Calcola gli alberi filogenetici in base alla parsimonia usando l'algoritmo dnapars/protpars di PHYLIP, in base alla distanza su una varietà di distanze evolutive con l'algoritmo NJ o BioNJ oppure in base alla massima verosimiglianza usando il programma PhyML 3.0.
SeaView disegna alberi filogenetici sullo schermo o in file PostScript e permette di scaricare sequenze da EMBL/GenBank/UniProt usando Internet.
Other Packages Related to seaview
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- dep: libc6 (>= 2.29)
- Libreria C GNU: librerie condivise
also a virtual package provided by libc6-udeb
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- dep: libfltk-images1.3
- Fast Light Toolkit - gestione caricamento delle immagini
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- dep: libfltk1.3 (>= 1.3.4)
- Fast Light Toolkit - libreria condivisa principale
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- dep: libgcc-s1 (>= 3.0)
- libreria di supporto a GCC
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- dep: libstdc++6 (>= 5.2)
- libreria GNU Standard C++, versione 3
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- dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)
- libreria di compressione - runtime
Download seaview
Architecture | Package Size | Installed Size | Files |
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i386 | 403.3 kB | 1,067.0 kB | [list of files] |