Package: cp2k (8.1-9)
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- Homepage [www.cp2k.org]
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dinamica molecolare ab initio
CP2K è un programma per fare simulazioni di sistemi allo stato solido, liquido, sistemi molecolari e biologici. È espressamente pensato per metodi per strutture elettroniche massivamente paralleli e scalabili linearmente e per simulazioni di dinamica molecolare ab-initio (AIMD) allo stato dell'arte. Le sue caratteristiche comprendono:
CP2K è ottimizzato per il metodo misto GPW (gaussiane e onde piane) basato su pseudopotenziali, ma è in grado di eseguire anche i calcoli a tutti gli elettroni oppure puramente su onde piane/gaussiane. Le sue funzionalità includono:
Metodi della teoria della struttura elettronica ab-initio usando il modulo QUICKSTEP:
* energie e forze della teoria del funzionale della densità (DFT); * energie e forze Hartree-Fock (HF); * energie e forze della teoria della perturbazione di secondo ordine di Moeller-Plesset (MP2); * energie RPA (Random Phase Approximation); * fase gassosa e condizioni periodiche al contorno (PBC, Periodic Boundary Conditions); * gli insiemi base includono vari orbitali di tipo gaussiano (GTO) standard, onde piane (PW) pseudopotenziali e un approccio misto gaussiano e con onde piane (aumentate) (GPW / GAPW); * pseudo potenziali a norma conservata separabili GTH (Goedecker-Teter- Hutter) e NLCC (Non-Linear Core Corrected) o calcolo a tutti gli elettroni; * pseudopotenziali (PP) incluso il PP a norma conservata separabile Goedecker-Teter-Hutter (GTH); * funzionali XC di approssimazione della densità locale (LDA) inclusi SVWN3, SVWN5, PW92 e PADE; * funzionali XC a gradiente corretto (GGA) inclusi BLYP, BP86, PW91, PBE e HCTH120, così come il funzionale XC meta-GCA TPSS; * funzionali XC ibridi con scambio Hartree-Fock (HFX) esatto inclusi B3LYP, PBE0 e MCY3; * funzionali XC doppio-ibrido XC inclusi B2PLYP e B2GPPLYP; * funzionali XC aggiuntivi attraverso LibXC; * correzioni di dispersione attraverso modelli di potenziale di coppia DFT-D2 e DFT-D3; * correzioni van der Waals non locali per funzionali XC inclusi B88-vdW, PBE-vdW e B97X-D; * correzione DFT+U (Hubbard); * fitting della densità per DFT con Bloechl o DDAPC (Density Derived Atomic Point Charges), per HFX con metodi ADMM (Auxiliary Density Matrix Methods) e per MP2/RPA con RI (risoluzione all'identità); * tecniche per matrici sparse e prescreening per calcolo di matrici Kohn-Sham (KS) per scalamento lineare; * minimizzatore del campo autoconsistente (SCF) per trasformazioni di orbitale (OT) o inversione diretta del sottospazio iterativo (DIIS); * metodo LRIGPW (Local Resolution-of-Identity Projector Augmented Wave); * energie ALMO-SCF (Absolutely Localized Molecular Orbitals SCF) per scalamento lineare di sistemi molecolari; * stati eccitati attraverso TDDFPT (teoria della perturbazione della funzione di densità dipendente dal tempo).
Dinamica molecolare ab-initio:
* dinamica molecolare Born-Oppenheimer (BOMD); * dinamica molecolare Ehrenfest (EMD); * estrapolazione PS di funzione d'onda iniziale; * integratore ASPC (Always Stable Predictor-Corrector) reversibile nel tempo; * dinamica molecolare approssimata Car-Parinello stile Langevin Born-Oppenheimer (dinamica molecolare Car-Parrinello di seconda generazione, SGCP).
Simulazioni miste quantistiche/classiche (QM/MM):
* approccio multigriglia in spazio reale per la valutazione delle interazioni di Coulomb tra la parte QM e quella MM; * trattamento con accoppiamento elettrostatico con scalamento lineare delle condizioni periodiche al contorno; * QM/MM adattivo.
Ulteriori funzionalità includono:
* calcoli di energie di singolo punto, ottimizzazioni geometriche e frequenze; * svariati algoritmi per NEB (Nudged-Elastic Band) (B-NEB, IT-NEB, CI-NEB, D-NEB) per calcoli del percorso a energia minima (MEP); * ottimizzazione globale delle geometrie; * solvatazione con il modello SCCS (Solvation via the Self-Consistent Continuum); * calcoli semi-empirici incluse le parametrizzazioni AM1, RM1, PM3, MNDO, MNDO-d, PNNL e PM6, DFTB (Density-Functional Tight-Binding) e SCP-TB (Self-Consistent Polarization Tight-Binding) con o senza condizioni periodiche al contorno; * simulazioni di dinamica molecolare (MD) classica in insiemi microcanonici (NVE) o insiemi canonici (NVT) con campionamento Nose-Hover e canonico attraverso termostati a riscalamento di velocità (CSVR); * metadinamiche inclusa la metadinamica ben-temperata per calcoli dell'energia libera; * simulazioni classiche del campo di forza (MM); * simulazioni KS-DFT Monte-Carlo (MC); * proprietà statiche (es. spettri) e dinamiche (es. diffusione); * codice ATOM per generazione di pseudopotenziali; * ottimizzazione integrata dell'insieme di base molecolare.
CP2K non implementa la dinamica molecolare convenzionale di Car-Parrinello (CPMD).
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- dep: cp2k-data (= 8.1-9)
- dinamica molecolare ab initio (file dei dati)
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- dep: libc6 (>= 2.29)
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also a virtual package provided by libc6-udeb
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- dep: libelpa15 (>= 2019.11.001)
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- dep: libopenmpi3 (>= 4.1.0)
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- dep: libsymspg1 (>= 1.16.1)
- libreria C per determinare la simmetria dei cristalli
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- dep: libxc5 (>= 4.2.1)
- Library of Exchange-Correlation Functionals
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Architecture | Package Size | Installed Size | Files |
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i386 | 12,213.5 kB | 44,956.0 kB | [list of files] |