Package: grinder (0.5.4-6)

[ Source: grinder  ]

versatile simulatore di letture di sequenziamento "omiche" shotgun e di ampliconi

Grinder è un versatile programma per creare librerie di sequenze casuali shotgun e di ampliconi basate su sequenze di riferimento proteiche, di RNA o di DNA, fornite in un file FASTA.

Grinder può produrre insiemi di dati shotgun e di ampliconi genomici, metagenomici, trascrittomici, metatrascrittomici, proteomici, metaproteomici da tecnologie di sequenziamento attuali come Sanger, 454 e Illumina. Questi insiemi di dati simulati possono essere usati per testare l'accuratezza di strumenti bioinformatici sotto ipotesi specifiche, ad esempio con o senza errori di sequenziamento o con bassa o alta diversità della comunità. Grinder può anche essere usato per aiutare a decidere tra metodi alternativi di sequenziamento per un progetto basato su sequenze, ad esempio se la libreria debba essere o meno con terminali accoppiati, quante letture debbano essere sequenziate.

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