Package: dotter (4.44.1+dfsg-6 and others)

[ Source: seqtools  ]

confronto dettagliato tra due sequenze genomiche

Dotter è un programma a matrice di punti grafico per confronto dettagliato di due sequenze.

 * Ciascun residuo in una sequenza è confrontato con ciascun residuo
   nell'altra e viene calcolata una matrice di punteggi.
 * Una sequenza è disegnata sull'asse x e l'altra sull'asse y.
 * Il rumore viene filtrato in modo che gli allineamenti appaiano come
   linee diagonali.
 * I punteggi delle coppie sono mediati con una finestra mobile per rendere
   la matrice dei punteggi più intelligibile.
 * La matrice dei punteggi mediati forma un paesaggio tridimensionale, con
   le due sequenze in due dimensioni e l'altezza dei picchi sulla terza.
   Questo paesaggio è proiettato in due dimensioni usando un'immagine a
   scala di grigi, più scuro è un picco, più alto è il punteggio.
 * Il contrasto e la soglia dell'immagine a scala di grigi possono essere
   regolati interattivamente, senza dover ricalcolare la matrice dei
   punteggi.
 * È fornito uno strumento di allineamento per esaminare l'allineamento
   delle sequenze che l'immagine a scala di grigi rappresenta.
 * Le coppie conosciute con punteggi alti possono essere caricate da un
   file GFF e sovrapposte al grafico.
 * I modelli dei geni possono essere caricati da GFF e visualizzati accanto
   all'asse relativo.
 * Confrontare una sequenza con sé stessa per trovare ripetizioni interne.
 * Trovare sovrapposizioni tra sequenze multiple facendo un grafico a punti
   di tutte le sequenze verso loro stesse.
 * Eseguire Dotter in modalità non interattiva come processo sullo sfondo
   per creare grafici a punti grandi, che richiedono molto tempo.

Tags: Interface Toolkit: GTK

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Download dotter

Download for all available architectures

Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
amd64	4.44.1+dfsg-6+b1	598.9 kB	813.0 kB	[list of files]
arm64	4.44.1+dfsg-6+b1	585.6 kB	801.0 kB	[list of files]
armel	4.44.1+dfsg-6+b1	577.8 kB	759.0 kB	[list of files]
armhf	4.44.1+dfsg-6+b1	579.4 kB	699.0 kB	[list of files]
i386	4.44.1+dfsg-6+b1	606.6 kB	851.0 kB	[list of files]
mips64el	4.44.1+dfsg-6+b1	598.8 kB	901.0 kB	[list of files]
mipsel	4.44.1+dfsg-6+b1	600.3 kB	872.0 kB	[list of files]
ppc64el	4.44.1+dfsg-6+b1	604.0 kB	901.0 kB	[list of files]
s390x	4.44.1+dfsg-6+b1	587.7 kB	829.0 kB	[list of files]