Package: sumtrees (4.5.1-1)

[ Source: python-dendropy  ]

sommari e annotazioni per alberi filogenetici

SumTrees è un programma per riassumere la probabilità bayesiana a posteriori o bootstrap non parametrico a supporto di suddivisioni o cladi in alberi filogenetici.

La base della valutazione del supporto è tipicamente data da un insieme di campioni di alberi con repliche bootstrap non parametriche prodotti da programmi come GARLI o RAxML, oppure da un insieme di campioni di alberi MCMC prodotti da programmi come Mr. Bayes o BEAST. La proporzione degli alberi tra i campioni in cui viene trovata una particolare suddivisione è presa come grado di supporto per tale divisione per quanto indicato dai campioni. I campioni che sono la base del supporto possono essere distribuiti tra file multipli, e un'opzione "burnin" permette di escludere un numero iniziale di alberi in ciascun file dall'analisi, se sono considerati come non ottenuti dalla vera distribuzione a supporto.

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