Package: murasaki (1.68.6-12)

[ Source: murasaki  ]

strumento per rilevazione di omologie tra più genomi vasti

Murasaki è uno strumento per la rilevazione di omologie in più genomi vasti veloce e basato sulla teoria del linguaggio. Permette allineamenti globali multipli di genomi su scala di intero genoma. Gestisce modelli di lunghezza illimitata con gap e seed e filtraggio unico basato su TF-IDF.

Murasaki è un software per allineamento ad ancore, che è

 * estremamente veloce (17 ore di CPU per l'intero genoma uomo x topo (con
   40 nodi: 52 minuti di orologio))
 * scalabile (parallelizzabile a piacimento tra più nodi usando MPI. Anche
   un singolo nodo con 16 GB di RAM può gestire più di 1 Gpb di sequenza.)
 * con lunghezza illimitata dei modelli
 * tollerante alle ripetizioni
 * con riduzione intelligente del rumore

Other Packages Related to murasaki

• dep: libboost-filesystem1.74.0 (>= 1.74.0)

  operazioni su filesystem (percorsi portabili, iterazione su directory, ecc.) in C++

• dep: libboost-iostreams1.74.0 (>= 1.74.0)

  libreria Boost.Iostreams

• dep: libboost-regex1.74.0-icu67

  virtual package provided by libboost-regex1.74.0

• dep: libc6 (>= 2.29)

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.5)

  libreria di supporto a GCC

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  libreria GNU Standard C++, versione 3

• dep: murasaki-common

  strumento per rilevazione di omologie tra più genomi vasti (file comuni)

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