Package: bandage-examples (0.8.1-4)

[ Source: bandage  ]

applicazione bioinformatica per navigare facilmente grafi di assemblati de novo (dati)

Bandage è un programma con GUI che permette agli utenti di interagire con grafi di assemblati creati da assemblatori de novo come Velvet, SPAdes, MEGAHIT e altri.

I grafi degli assemblati de novo non contengono solo i contig assemblati, ma anche le connessioni tra tali contig, che precedentemente non erano facilmente accessibili. Bandage visualizza grafi di assemblati, con connessioni, usando algoritmi di disposizione di grafi. I nodi nel grafo disegnato, che rappresentano i contig, possono essere automaticamente etichettati con il loro ID, lunghezza o profondità. Gli utenti possono interagire con il grafo spostando, etichettando e colorando i nodi. Le informazioni sulla sequenza possono essere estratte anche direttamente dal visualizzatore del grafo. Visualizzando le connessioni tra contig, Bandage apre nuove possibilità per analizzare e migliorare gli assemblati de novo, che non sono possibili osservando i contig da soli.

Ulteriori informazioni e collegamenti per il download si trovano sul sito web di Bandage: rrwick.github.io/Bandage

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