Package: bali-phy (3.6.0+dfsg-1)

[ Source: bali-phy  ]

inferenza baiesiana di allineamenti e filogenie

BAli-Phy (Bayesian Inference of Alignment and Phylogeny) stima allineamenti multipli di sequenze e alberi evolutivi da sequenze di codoni, amminoacidi o DNA non allineato. BAli-Phy usa MCMC per stimare alberi evolutivi, selezione positiva e lunghezze dei rami mentre fa la media su allineamenti alternativi. BAli-Phy può visualizzare graficamente l'ambiguità degli allineamenti in un diagramma AU (alignment uncertainty).

BAli-Phy può anche stimare filogenie da un allineamento fisso (come MrBayes e BEAST) usando modelli di sostituzione come GTR+gamma. BAli-Phy stima automaticamente tassi relativi per ciascun gene.

Other Packages Related to bali-phy

• dep: libboost-chrono1.74.0 (>= 1.74.0)

  rappresentazione C++ di intervalli temporali, punti temporali e orologi

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  operazioni su filesystem (percorsi portabili, iterazione su directory, ecc.) in C++

• dep: libboost-program-options1.74.0 (>= 1.74.0)

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• dep: libboost-random1.74.0 (>= 1.74.0)

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• dep: libcairo2 (>= 1.4.10)

  libreria Cairo per grafica 2D vettoriale

• dep: libgcc-s1 (>= 3.5)

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  sistema per calcoli e grafici statistici GNU R

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