Package: nanopolish (0.13.2-3)

[ Source: nanopolish  ]

identificatore di sequenze di consenso per dati di sequenziamento a nanopori

Nanopolish usa un modello di Markov nascosto segnale-livello per l'identificazione di sequenze di consenso di dati di sequenziamento a nanopori di genomi. Può eseguire l'analisi a livello di segnale di dati di sequenziamento Oxford Nanopore. Nanopolish può calcolare una sequenza di consenso migliorata per una bozza di assemblaggio genomico, rilevare modificazioni di basi, identificare SNP e indel in rapporto ad un genoma di riferimento e altro ancora.

Other Packages Related to nanopolish

• dep: libc6 (>= 2.29)

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.3.1)

  libreria di supporto a GCC

• dep: libgomp1 (>= 6)

  libreria di supporto GOMP (GCC OpenMP)

• dep: libhdf5-103-1

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• dep: libhts3 (>= 1.10)

  libreria C per formati di dati di sequenziamento ad alte prestazioni

• dep: libstdc++6 (>= 9)

  libreria GNU Standard C++, versione 3

• dep: perl

  "Practical Extraction and Report Language" di Larry Wall

• dep: python3

  linguaggio interattivo di alto livello orientato agli oggetti (versione python3 predefinita)

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3)

  libreria di compressione - runtime

• rec: python3-biopython

  libreria Python 3 per bioinformatica

• rec: python3-pysam

  interfaccia al formato SAM/BAM per allineamento e mappatura di sequenze (Python 3)

• sug: make

  utilità per guidare la compilazione

• sug: perl

  "Practical Extraction and Report Language" di Larry Wall

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Architecture	Package Size	Installed Size	Files
arm64	2,130.2 kB	9,334.0 kB	[list of files]