strumento per filtraggio, mappatura e scelta di OTU per letture NGS
SortMeRNA è uno strumento per analisi di sequenze biologiche per filtrare,
mappare e scegliere OTU per letture NGS. L'algoritmo centrale è basato su
seed approssimati e permette analisi veloci e sensibili di sequenze
nucleotidiche. L'applicazione principale di SortMeRNA è filtrare rRNA da
dati di metatrascrittomica. Applicazioni aggiuntive includono la scelta di
OTU e assegnamenti tassonomici disponibili attraverso QIIME v1.9+
(http://qiime.org - v1.9.0-rc1).
SortMeRNA prende come input un file di letture (in formato fasta o fastq) e
uno o più file di database di rRNA, e suddivide gli rRNA e le letture
scartate in due file specificati dall'utente. Opzionalmente può fornire
allineamenti locali di alta qualità di letture rRNA rispetto al database di
rRNA. SortMeRNA funziona con dati Illumina, 454, Ion Torrent e PacBio, e
può produrre allineamenti SAM e simili a BLAST.
