Package: mash (2.2.2+dfsg-2)

[ Source: mash  ]

veloce stima di distanze in genoma e metagenoma usando MinHash

Mash usa gli hash MinHash sensibili localmente per ridurre grandi biosequenze in sketch rappresentativi e stimare rapidamente le distanze di coppia tra genomi o metagenomi. I database di sketch di Mash delineano in maniera efficace i confini conosciuti tra le specie, permettono la costruzione di filogenie approssimate e possono essere cercati in secondi usando genomi assemblati o risultati grezzi di sequenziamento da Illumina, Pacific Biosciences e Oxford Nanopore. Per la metagenomica, Mash scala fino a migliaia di campioni e può replicare i risultati dello Human Microbiome Project e del Global Ocean Survey in una frazione del tempo.

Other Packages Related to mash

• dep: libc6 (>= 2.29)

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libcapnp-0.7.0

  libreria C++ Cap'n Proto

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0)

  libreria di supporto a GCC

• dep: libgsl25 (>= 2.6)

  GNU Scientific Library (GSL) -- pacchetto della libreria

• dep: libmurmurhash2 (>= 0.2)

  Portable MurmurHash Implementation

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  libreria GNU Standard C++, versione 3

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  libreria di compressione - runtime

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Architecture	Package Size	Installed Size	Files
amd64	149.5 kB	443.0 kB	[list of files]