Package: metaphlan2 (2.9.22-1)

[ Source: metaphlan2  ]

analisi filogenetica metagenomica

MetaPhlAn (Metagenomic Phylogenetic Analysis) è uno strumento computazionale per profilare la composizione di comunità microbiche (batteri, archei, eucarioti e virus) da dati di sequenziamento metagenomico shotgun con risoluzione a livello di specie. Dalla versione 2.0, MetaPhlAn è anche in grado di identificare ceppi specifici (in casi non così frequenti in cui il campione contenga ceppi precedentemente sequenziati) e di tracciare i ceppi per tutte le specie tra i vari campioni.

MetaPhlAn 2.0 si basa su ~1M geni marcatori unici specifici di un clade (il file con le informazioni sui marcatori può essere trovato in usr/share/metaphlan2/utils/markers_info.txt.bz2) identificati da ~17000 genomi di riferimento (~13500 di batteri e archei, ~3500 da virus e ~110 da eucarioti), che permettono:

 * assegnazioni tassonomiche non ambigue;
 * stime accurate dell'abbondanza relativa degli organismi;
 * risoluzione a livello di specie per batteri, archei, eucarioti e virus;
 * identificazione e tracciatura dei ceppi;
 * incrementi di velocità di ordini di magnitudine in confronto ai metodi
   esistenti;
 * genomica di popolazione a livello di ceppi metagenomica.

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