Package: prottest (3.4.2+dfsg-8)

[ Source: prottest  ]

selezione di modelli di best-fit per evoluzione di proteine

PROTTEST (parente di ModelTest) è un programma per selezionare il modello di evoluzione di una proteina che meglio si adatta a un dato insieme di sequenze (allineamento). Questo programma in Java è basato sul programma Phyml (per calcoli col metodo della massima verosimiglianza e ottimizzazione dei parametri) e usa anche la libreria PAL. I modelli inclusi sono matrici empiriche di sostituzione (come WAG, LG, mtREV, Dayhoff, DCMut, JTT, VT, Blosum62, CpREV, RtREV, MtMam, MtArt, HIVb e HIVw) che indicano i tassi relativi di sostituzione di aminoacidi e specifici miglioramenti (+I: siti invarianti, +G: tasso di eterogeneità tra siti, +F: frequenze osservate di aminoacidi) per tenere conto di vincoli evolutivi imposti dalla conservazione della struttura e della funzione delle proteine. ProtTest usa l'Akaike Information Criterion (AIC) e altre statistiche (AICc e BIC) per trovare quale dei modelli candidati si adatta meglio ai dati a disposizione.

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