Package: python3-biom-format (2.1.12-3 and others)

[ Source: python-biom-format  ]

formato BIOM (Biological Observation Matrix) (Python 3)

Il formato di file BIOM (Biological Observation Matrix, matrice di osservazioni biologiche) è progettato per essere un formato di uso generico per rappresentare campioni biologici con tabelle di contingenza delle osservazioni. BIOM è uno standard riconosciuto per l'Earth Microbiome Project ed è un progetto candidato del Genomics Standards Consortium.

Il formato BIOM è progettato per l'uso generico in vaste aree delle scienze -omiche comparative. Per esempio, in indagini su geni marker, l'uso principale di questo formato è quello di rappresentare tabelle OTU: in questo caso le osservazioni sono OTU e la matrice contiene i conteggi corrispondenti al numero di volte che ogni singola OTU è stata osservata in ciascun campione. Nel caso di dati di metagenomi, questo formato può essere usato per rappresentare tabelle metagenomiche: le osservazioni in questo caso potrebbero corrispondere ai sottosistemi SEED e la matrice conterrebbe i conteggi corrispondenti al numero di volte che ogni sottosistema è stato osservato in ciascun metagenoma. Analogamente, nel caso di dati genomici, questo formato può essere usato per rappresentare un insieme di genomi: le osservazioni in questo caso corrisponderebbero ancora una volta ai sottosistemi SEED e i conteggi corrisponderebbero al numero di volte che ogni sottosistema è stato osservato in ciascun genoma.

Questo pacchetto fornisce la libreria per il formato BIOM per l'interprete Python 3.

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Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
ppc64el	2.1.12-3+b1	124.6 kB	818.0 kB	[list of files]